대체로 같이 먹어도 문제가 없다는 의견이 많다. 그렇지만 '대체로'라는 것이 80%인지 90%인지 등 엄밀한 정도를 나타내는 것은 아니어서 주의할 필요는 있다. 일반적으로 모든 생약을 포함해 한약, 양약을 막론하고 효과가 있는 약물에는 반드시 부작용이 있다. 대체로 괜찮다고 하지만 한약과 양약을 같이 먹었을 때 의도하지 않았던 부작용이 생길 수 있다는 것이다.

예를 들어 '마황'이라는 생약제가 들어간 한약은 갑상선 호르몬제나 천식치료제(테오필린), 콧물 감기약 등과 병행하면 맥박이 빨라지거나 심장이 두근거리고, 땀이 과도하게 나는 증상 등이 나타날 수 있다. 마황의 주요 성분 중 하나인 에페드린이 중추 흥분작용, 발열작용, 진해작용 등이 있어 양약과 함께 복용할 경우 그 작용이 과도하게 높아질 수 있기 때문.

이 외에도 한약에서 흔히 사용되는 '감초'도 일부 이뇨제(라식스)를 같이 복용하면 저칼륨혈증을 일으킬 수도 있다. 양약끼리 또는 한약끼리의 병합 투여의 효과와 부작용에 대해서는 비교적 잘 알려져 있다.

그러나 한약과 양약 간의 상호작용에 대해서는 아직 연구가 많이 되어있지 않은 상태로 앞으로 더욱 연구되어야 할 분야이다. 한약과 양약을 같이 복용할 경우에는 반드시 주치의나 한의사에게 문의하는 것이 바람직하다.